Trois ans après la ''Grande Guerre Shinra'' arrive à sa fin mais la nation autrefois prospère de Soma, l'une des cibles de l'invasion, se bat encore pour récupérer. Ageha et Tateha, ainsi que leur mère, viennent d'être libérés de leurs obligations et ne savent pas que les chercheurs du pays sont sous l'emprise de l'empire de Jakou. La famille royale de Soma commence rapidement sa propre quête de domination militaire. Les enfants du projet Espgaluda se retrouvent traqués encore une fois, et sont obligés de revenir dans la bataille mais cette fois-ci ils ne sont pas tout à fait seuls.