29 juillet 2010. La belle ville de Saronica est détruite par le mystérieux SMO. Des agents, connus sous le nom de Subliminers, sont placés dans toute la ville pour opprimer la population. Les survivants forment la Résistance et engagent férocement les forces du SMO dans la bataille. La Résistance est dirigée par l'insaisissable Lily, qui prépare également un plat de macaroni au fromage. Suivez l'agent Kou Yanami, torturé par le doute sur la politique de son employeur. Il s'empare de deux pistolets de l'arsenal du SMO et rejoint les forces de la Résistance. Ses pistolets sont les Crimson, d'anciennes super armes.
Lily tente de protéger Kou de ses poursuivants acharnés mais devient à son tour la proie de SMO. Maintenant, Kou Yanami et la fille de Lily, Yuri, ont entrepris de la libérer... et d'abattre tous les sublimateurs SMO qui se mettaient en travers de leur chemin !