L'humanité se trouve dans une situation financière et technologique pacifique dans le long conflit qui l'oppose à l'Empire Bydo. Le projet spatial Project Paradise qui avait été mis de côté pendant une longue période a finalement pu voir le jour. Le projet avait comme objectif la construction d'une planète artificielle appelée Eden qui pourrait servir de point de retraite pour les humains. Cependant, après la construction et la mise en route de la planète, Major, le bio-ordinateur responsable du maintien d'Eden, connait des dysfonctionnements, il prend alors le contrôle du système de défense de la planète artificielle et attaque l'humanité. Il appartient maintenant à la récemment développée variation de R-9, Leo, de voler et arrêter l'assaut de Major sur ses créateurs.