Une organisation connue sous le nom DAS (The Anarchy Dark Society) utilise des machines apocalyptiques magnétiques pour faire fondre les calottes polaires et donc désoler le monde. Bien que le monde entier eu été inondé, quelques sociétés humaines survivent en construisant sur les plus haut fonds qu'ils puissent trouver pour continuer à vivre. Dans ce scénario post apocalyptique, la DAS, qui a été préparé à cette catastrophe, règne en maître sur les survivants avec des armes militaires d'une puissance extraordinaire. En apprenant que la DAS développe une nouvelle super arme le "Yugusukyuure", les survivants terrorisés par DAS organisent secrètement une force de rébellion en utilisant un sous-marin de nouvelle génération appelé Granvia. La mission de l'Granvia est de plonger dans les eaux controlés pas la DAS, détruire toutes les armes et anéhentir leur quartier général.