ACE3 se déroule trois ans après les événements d' ACE 2 , lors de la bataille finale entre l'UCE et les Zentradi dans ACE 2 (les antagonistes de Macross ), connue sous le nom de The First Defensive War. Il mentionne également que les forces de l'UCE ont été réformées en forces de la Fédération de la Terre.
L'intrigue générale du jeu traite de l'apparition soudaine d'une seconde Terre déchirée par la guerre d'où émergent de nouveaux ennemis plus meurtriers. Dans le même temps, les ennemis qui ont survécu à la première guerre défensive commencent à réapparaître sur la Terre d'origine, compliquant encore les choses.