Le personnage principal passe ses vacances d'été dans la chambre d'hôtes de sa tante et de son oncle dans une ville côtière du sud du Japon. Les fonctionnalités du premier jeu, comme la collecte et les combats de bogues, reviennent, ainsi que de nouvelles facettes, comme la natation. Le joueur contrôle le personnage principal pendant les trente et un jours d'août 1975.

Boku découvre également qu'il n'est pas le seul à être absent de l'école cet été, car il rencontre le lycéen Yasuko sur le ferry pour l'île. Et au lieu de traîner avec des cousines, Boku passe du temps avec les frères Takeshi et Shigeru (bien que les sœurs reviennent sous les formes non liées au sang de Yasuko et de sa sœur Hikari). Dans la suite, Boku côtoie 18 personnages différents. Ceci est rendu gérable en plaçant Boku dans l'auberge Akane House, une sorte de bed and breakfast en bord de mer, géré par la tante et l'oncle avec des logements séparés pour la famille. Une poignée d'invités se retrouvent dans l'auberge et dans la vie de Boku en août : Yoshika, l'étudiante qui joue de la guitare ; la joyeuse infirmière Nagisa; le photojournaliste australien Simon ; le vieil homme maussade Taniguchi et d'autres qui contribuent un peu de leur vie au jeu.

Le cadre balnéaire permet également à Boku d'aller nager dans n'importe quel plan d'eau à proximité. Lorsque cela se produit, le jeu passe de son monde pré-rendu à la 3D complète, présentant un environnement sous-marin simplifié mais toujours attrayant. Cependant, Boku n'est pas comme les autres personnages de jeux vidéo, car les joueurs doivent faire attention à un compteur d'oxygène. Il ne se noie pas, il est juste altéré; il se réveille à l'auberge juste après, entouré de parents effrayés.