Trois semaines se sont écoulées depuis la quasi-collision de la Terre avec la colonie spatiale Eurasie. Le désastre a été évité grâce à l’héroïsme de Zero. Maintenant, sur une planète meurtrie et meurtrie, des histoires de réploïdes rampants font surface. C’est à Mega Man X d’enquêter sur ces mystères mais ce ne sera pas facile. Mega Man X doit se battre à travers un labyrinthe de niveaux et réparer les réploïdes en cours de route.
Revenez combattre agagin et encore avec le nouveau système Nightmare, qui randomise les cartes de niveau, les ennemis et les fins en fonction de la façon dont vous jouez au jeu. Mega man X est de retour et maintenant c’est personnel!