Tomb Raider Chronicles s'ouvre quelques jours seulement après les événements de The Last Revelation. Lara est toujours portée disparue et présumée morte. Un service commémoratif au manoir Croft réunit trois vieux amis de Lara : Winston, Charles Kane et le père Bram Patrick Dunstan. Alors qu'il pleut à verse à l'extérieur, les trois amis se remémorent les anciennes aventures de Lara : La chasse à la pierre philosophale à Rome, une plongée en haute mer au large des côtes russes à la recherche de la lance du destin, une rencontre avec l'engeance de l'enfer dans la vieille Irlande, et une incursion dans un complexe de bureaux de haute technologie pour récupérer l'artefact de l'Iris. Pendant ce temps, à des centaines de kilomètres de là, Werner Von Croy coordonne les fouilles frénétiques à la recherche de réponses enfouies sous le désert égyptien.