Binary Domain est un jeu d'action se déroulant dans un Tokyo futuriste. En effet, en 2080 les grandes puissances mondiales découvrent que des robots à l'apparence humaine ont infiltré toute la société. L'existence de ce type d'androïdes va à l'encontre de la nouvelle convention de Genève. Une escouade de l'IRTA est donc chargée d'enquêter sur la société Amada qui est suspectée d'avoir conçu ces robots.