Mortal Kombat: Deception fait passer la série au niveau supérieur avec plusieurs décès par personnage, des arrière-plans interactifs et de nouveaux modes de jeu. Pour la première fois dans la série Mortal Kombat, vous pouvez jouer à un mode Konquest en itinérance libre, à des jeux de société et à un jeu de puzzle, en plus du mode de combat en tête-à-tête amélioré.
Mortal Kombat: Deception prend en charge le jeu en ligne pour la PS2 et le Xbox Live et propose des matchs et des tournois en ligne ainsi que des capacités de jeu en ligne pour les modes jeu de société et puzzle.