Batman est apparu dans les rues de Gotham City depuis deux ans, entraîné et ayant affronté plusieurs brigands mais connaissant encore mal les grands criminels de la ville. La police ne sait toujours pas si elle doit le considérer comme une aide humaine ou une légende urbaine.

La veille de Noël, Batman intervient au pénitencier de Blackgate pour une tentative d'évasion massive organisée par Black Mask, qui assassine le commissaire Loeb avant de fuir. Batman tombe sur Killer Croc, qui lui révèle au terme de leur affrontement que Black Mask a mis un contrat de 50 millions de dollars sur la tête du justicier et a engagé huit des assassins les plus dangereux pour l'exécuter. Afin de retrouver Black Mask, Batman part sur le Final Offer, le navire et repaire du Pingouin. Dans les cales, il doit affronter l'Électrocuteur et Deathstroke, avant d'apprendre par le Pingouin que Black Mask aurait été tué dans son appartement il y a plusieurs jours avec sa compagne. Batman mène l'enquête et identifie la victime comme une doublure, mise en place par Black Mask pour prévenir les actions d'un nouveau criminel : le Joker.

Batman infiltre donc les locaux du GCPD pour obtenir le dossier du Joker ainsi que des fichiers ADN pour résoudre l'affaire. Il doit faire face à un capitaine Gordon peu confiant et surtout aux membres du SWAT, décidés à obtenir les 50 millions. Grâce à la jeune Barbara Gordon, qui croit en lui, Batman exploite la base de données de la police et découvre que les hommes de Black Mask ont installé des explosifs dans la ville mais que le truand aurait été enlevé par le Joker afin d'accéder à ses moyens financiers. Dans la banque d'affaires de Gotham, Batman retrouve Black Mask, qui enlève son masque et s'avère être le Joker : le clown tueur et psychopathe a pris l'identité du truand pour prendre le contrôle de ses affaires et lancer le contrat sur le justicier. Celui-ci traque le clown jusque dans l'aciérie Sionis où il retrouve vivant Roman Sionis, mais aussi Copperhead, qu'il affronte. Le Joker est en effet parti pour l'hôtel de Gotham, où il a organisé une réunion avec les derniers assassins en liberté, tout en piégeant le bâtiment et pris en otage le personnel.