Environ un an et six mois après l'émeute de l'asile d'Arkham, Quincy Sharp, l'ancien directeur de l'asile d'Arkham, s'est approprié la gloire de la capture du Joker, et a profité de sa notoriété pour se faire élire maire de Gotham. Comme l'asile d'Arkham et le pénitencier de Blackgate ne peuvent plus servir de lieux de détention, Sharp rachète une grande partie des bas quartiers de la ville et arme des mercenaires pour former un groupe armé nommé Tyger et créer Arkham City, une ville close où tous les criminels de Gotham peuvent vivre libres, à la seule condition qu'ils ne cherchent pas à s'enfuir (des plans du projet « Arkham City » sont d'ailleurs visibles dans une pièce cachée du bureau de Sharp dans Arkham Asylum 3).

Pour surveiller la ville, Sharp embauche le psychiatre Hugo Strange. Bruce Wayne surveille également de près la ville, inquiet à l'idée que la situation puisse leur échapper, mais préfère agir sous son identité civile pour faire fermer le centre de détention. Alors qu'il fait un discours, les hommes du groupe Tyger capturent Wayne et l'enferment dans Arkham City. Hugo Strange menace de révéler son identité et lui parle du déclenchement futur d'un mystérieux projet, le Protocole 10, avant de le lâcher au milieu des détenus, où il est notamment pris à partie par le Pingouin. Le milliardaire parvient à se libérer et grimpe sur le toit d'Ace Chemicals où l'attend son costume de chauve-souris.

Il retrouve Catwoman, qui s'est infiltrée dans la ville mais retenue par Double-Face au tribunal, la sauvant in extremis d'une exécution publique ; cependant, elle ignore tout de ce Protocole 10. Quelqu'un tente alors de les abattre au sniper et Batman découvre que c'est un coup du Joker, qui attire à nouveau son ennemi dans un piège dans le clocher de l’église où il tente de le tuer avec une bombe.