Il y a fort longtemps, la Croisée des Rêves a été peuplée par le puissant Polokus, dont tous les rêves deviennent réalités. Mais le calme de ce monde est aujourd'hui brisé : les créatures malfaisantes issues des cauchemars de Polokus, jusqu'alors enfermées dans la lugubre Lande aux Esprits Frappés, s'échappent de leur prison souterraine pour semer à nouveau le chaos dans la Croisée des Rêves.

Pour sauver son univers, le héros dit sans bras ni jambes Rayman doit de nouveau partir à l'aventure. Il est accompagné de son meilleur ami Globox et de deux Ptizètres. Ils commencent par parcourir les cinq premier mondes pour libérer les cinq fées. Sur le chemin, ils libèrent les Électoons prisonniers et échangent des Lums au Magicien pour obtenir plus d'Électoons.

Une fois les cinq mondes parcourus et les cinq fées libérées, celles-ci ouvrent des passages vers les quatre mondes suivants pour que les héros aillent aider les quatre rois. Ceux-ci, sous l'influence du mal, se sont transformés en monstres. Les héros battent les monstres, pour permettre aux rois de retrouver leur apparence normale.

Les fées ouvrent alors un passage vers le Cumulo Grincheux, une immense usine dans les nuages. Les héros le parcourent et découvrent que le chef des méchants et en réalité le Magicien. Celui-ci tente de les tuer en leur envoyant des copies robotiques de boss battus précédemment. Comme cela échoue, il tente de s'enfuir d'abord à pied, puis à bord d'un bateau volant. Mais lors de la fuite, le bateau entre en collision avec le cœur de l'usine. Celui-ci est détruit et l'usine explose intégralement. Les héros retombent alors sur terre.

Ils peuvent en plus poursuivre des Coffrapattes dans des niveaux spéciaux, afin d'obtenir des Dents de la mort. Une fois toutes les dents obtenues, les héros peuvent entrer dans la Lande aux Esprits Frappés. Après un parcours assez difficile, les héros arrivent au fond de la Lande et affrontent Big Mama, un monstre gigantesque. Une fois vaincue, celle-ci reprend son apparence normale : la dernière fée.