Prototype est un jeu d'action spectaculaire où le héros, Alex Mercer, dispose de facultés surhumaines. Plus rapide qu'une voiture, plus cascadeur que les Yamakazis, le héros possède surtout le don de s'approprier l'ADN de ses opposants, ce qui comprend l'apparence, les souvenirs et les capacités. Le scénario, complexe, revient sur les origines des pouvoirs de Mercer, lié à une mystérieuse infection de New York.