Vous êtes le Ranger de l'armée américaine B.J. Blazkowicz. Alors que la Seconde Guerre mondiale fait rage à travers l'Europe, le Bureau des actions secrètes vous a chargé d'enquêter sur d'étranges rumeurs d'activité occulte et de génie génétique. Vous êtes sur le point de vous lancer dans un voyage au cœur du Troisième Reich pour combattre les créatures les plus horribles jamais déchaînées.
Vous devez affronter des zombies ramenés d'entre les morts grâce à la magie noire et détruire des mutants créés grâce à une science tordue. Pendant tout ce temps, il y aura des légions de soldats nazis qui se battent pour gagner la guerre.