L'histoire du jeu suit Ratchet, un lombax, et Clank, un robot, qui se sont rencontrés sur Veldin, la planète où a grandi Ratchet (mais sa planète natale est Fastoon). Clank découvre que Drek, le président de la race des blargs envisage de créer une nouvelle planète pour sauver son espèce, entraînant la destruction des autres planètes de la galaxie. Le robot persuade Ratchet de l'aider dans sa quête et trouver de l'aide auprès du capitaine Qwark, mais ils découvrent rapidement qu'ils doivent sauver la galaxie par leurs propres moyens.