Un parasite mortel connu sous le nom de Kalma menace le monde de Jade Cocoon 2. Situé des siècles après le premier Jade Cocoon, la suite vous met dans le rôle de Kahu, un jeune maître Cocoon.
Kahu doit entrer dans quatre forêts sur le thème des éléments dans une mission pour empêcher Kalma de dépasser la terre. Recherchez les quatre orbes de Cocoon Masters tout en entraînant des monstres capturés pour vous aider dans votre quête. Vous pouvez même opposer votre armée de combattants aux créatures les mieux élevées d'un ami en mode combat.