Ape Escape 2 poursuit le gameplay captivant des singes introduit dans Ape Escape de 1999 sur la PlayStation originale, qui était le premier titre à nécessiter le contrôleur analogique à double choc en raison de son schéma de contrôle distinctif. Les joueurs guident un jeune garçon nommé Jimmy, qui doit rassembler autant de simians exubérants que possible avant de envahir le monde. Les 20 niveaux du jeu sont sélectionnés dans les confins sûrs de la Travel Station, une base d'opérations où les joueurs peuvent en savoir plus sur leurs cibles et débloquer divers bonus.