Sakura Wars est un RPG de stratégie doté d'un système d'histoire unique basé sur une simulation. Un scénario approfondi existe, un peu comme dans n'importe quel autre RPG ; cependant, le destin du joueur dans le jeu n'est pas prédéterminé. L'interaction entre les personnages joue un rôle majeur et vos réponses aux différents personnages du jeu peuvent finalement changer le contenu de l'histoire et même le résultat final.
Le système de combat est divisé en deux parties principales : combat terrestre et combat aérien. Le combat au sol se déroule à l'aide de combinaisons mécanisées à deux jambes, qui se transforment en chasseurs à réaction pour mener le combat vers le ciel. Chaque unité mécanique du jeu peut passer du mode robot de combat au mode chasseur à réaction pendant le combat. Une fois transformées, les armes et les méthodes de déplacement changeront également. Par exemple, le mode terrestre du héros utilise une épée comme arme principale, mais en mode jet, il utilisera des missiles à longue portée.