L'histoire débute avec le capitaine Olimar, un petit personnage ressemblant à un astronaute et principal protagoniste du jeu, qui voyage dans l'espace à bord de son vaisseau spatial, le Dolphin. Tout se déroule à merveille, jusqu'à ce qu'un astéroïde percute son vaisseau, l'envoyant directement vers une planète inconnue. Après avoir repris ses esprits, Olimar constate que son engin a été endommagé, et remarque que 30 pièces de son vaisseau sont manquantes. Il doit absolument retrouver ces pièces pour pouvoir repartir. Il découvre également que l'atmosphère de la planète est composé d'oxygène, un élément qui lui sera fatal après 30 jours, lorsque sa combinaison qui le protège arrêtera de fonctionner. Olimar fait ensuite la découverte de petites créatures, les Pikmins, qui l'aideront à se défendre des ennemis et à retrouver les pièces de son vaisseau éparpillés à travers différentes régions de la planète