Récit de circonstances malheureuses, la Tour de Pandore s'ouvre dans le royaume d'Elyria, où une chanteuse sans prétention nommée Elena succombe à une misérable malédiction lors d'un spectacle lors d'un festival. Portant une marque arcanique sur le dos, elle commence à se transformer en un monstre sauvage, obligeant les gardes de la ville à tenter de la tuer afin de l'empêcher.

Un jeune ancien mercenaire nommé Aeron, dont le cœur a toujours été dévoué à Elena, l'emmène juste à temps - et avec l'aide d'une mystérieuse sorcière nommée Mavda, il apprend ce qu'il faut faire pour éviter son triste sort. Il doit descendre dans The Scar, un gouffre massif attaché par douze chaînes reliées à une île flottante en son centre, au sommet de laquelle se dressent treize tours interconnectées.

Là, il doit utiliser son épée et une chaîne sacrée pour se frayer un chemin à travers chaque tour et extraire la chair des boss « maîtres » qui y habitent, qu'Elena doit consommer afin d'inverser sa transformation en cours. Mais le temps presse ! Plus Aeron met de temps à vaincre chaque bête, moins Elena devient humaine, ce qui affecte profondément son personnage et le résultat final du jeu. Le temps presse...