Lorsque Mario, Luigi, Toad jaune et Toad bleu célèbrent l'anniversaire de la Princesse Peach dans son château, un énorme gâteau apparaît. Bowser Jr. et les Koopalings surgissent du gâteau et emprisonnent Peach à l'intérieur.
Le gâteau est chargé sur le dirigeable de Bowser, et il décolle, Mario, Luigi et les deux Toads partent à sa poursuite. Les Toads dans le château leur accordent l'accès aux nouveaux objets, les Champivols et les Combinaisons Pingouin.