Dans MySims Agents, les joueurs incarnent un agent spécial ayant pour mission de découvrir et de déjouer les sinistres plans de Morcubus, le PDG corrompu de MorcuCorp. Les joueurs chercheront des indices et résoudront des affaires à travers la ville et bien au-delà tout en reconstituant ses plans infâmes. Armés d'un ensemble de gadgets de plus en plus sophistiqués, les joueurs suivront des empreintes de pas, crocheteront des serrures, pirateront des ordinateurs et effectueront des analyses moléculaires.
Ils sauteront, grimperont, s'équilibreront et construiront leur chemin pour suivre les affaires, peu importe où ils les mènent, prenant même un jet privé pour atteindre un temple antique, un manoir effrayant et un chalet glacé au sommet d'une montagne. En chemin, ils rencontrent des MySims qu'ils peuvent recruter pour constituer leur propre équipe d'agents et débloquer des objets rares qu'ils peuvent utiliser pour aménager leur quartier général.