Zoïds Vs. III ressemble et se joue de la même manière que ses prédécesseurs, offrant une action de robot rapide sur de grands champs de bataille. La nouveauté de la série est la possibilité d'effectuer des virages glissés au combat, de s'envoler directement dans le ciel et de combattre des adversaires dans les airs. Une autre mise à niveau est la possibilité de s'engager dans des batailles à quatre joueurs en écran partagé (par opposition aux modes versus à deux joueurs des prédécesseurs), dans des configurations de matchs 1 contre 3, 2 contre 2 et bataille royale chacun pour soi, avec des joueurs humains ou des robots CPU. Les modes incluent le mode histoire, le mode combat, le mode VS, le mode poing et un mode Zoids Museum.