Le mode Histoire suit l'intrigue de Berg Virenskraft, un pilote de l'Empire Guylos qui rejoint la 53e Escouade Indépendante.
Il commence avec une sélection de trois Zoids différents parmi lesquels choisir et après avoir gagné le respect du pilote Schnell Courage, gagne également le Murasame Liger.
En fonction de votre parcours dans le mode histoire, vous recevrez le Murasame Liger plus tôt dans le jeu ou lors de la bataille finale.
Différentes opportunités de combat et sous-intrigues vous seront également présentées, telles que la destruction d'une grande base qui vous oblige à combattre un grand nombre de Zoïdes.