Une grande célébration à la World Robot Expo est brisée par la vue d'une soucoupe volante traversant le ciel. Mais au lieu de contenir de petits hommes verts, cette soucoupe contient un scientifique très fou! Armé d'une machine de contrôle de l'esprit qui transmet un signal sinistre. Le Dr Wily est prêt à hypnotiser tous les robots de la ville en une armée de mercenaires métalliques stupides!

Combattre les effets de la machine de contrôle de l'esprit de Wily, Mega Man et ses renforts robotiques, Rush and Beat doit faire exploser en métal fondu une armée d'ennemis dirigée par huit des plus grands maîtres robots de Wily! Et si Mega Man survit, le Dr Wily attend de libérer l'artillerie lourde avec sa dernière création, l'impressionnant Wily Tank!