Mojo Jojo a marre de The Powerpuff Girls. Il a inventé un système pour mettre tout Townsville sous son contrôle de l'esprit - Radio Jojo. The Powerpuff Girls doit vaincre Mojo et anéantir les étrangers avant les citoyens Townsville deviennent étrangers à jamais. Joignez-vous à ce trio perfide et faites votre chemin à travers des missions difficiles et d'intenses affrontements à Townsville. La survie de ces trois super-héros dépend de votre capacité à déployer des super pouvoirs, des missions pleines d'action complets, et de détruire une foule d'ennemis et les méchants.