Capcom vs. SNK : Millennium Fight 2000 Pro est un jeu de combat où les deux maisons Capcom et SNK, toutes deux responsables de jeux de baston mémorables, font se rencontrer sur le ring la crème de leurs combattants pour des combats sans égal.
Il propose de faire s'affronter les personnages de Capcom et de SNK en solo ou en équipe de deux, trois ou quatre personnages en choisissant le système de combat de chaque équipe parmi deux disponibles.
Le système de jeu est sélectionnable une fois son équipe formée. Il conditionnera le type de la barre de furie, les mouvements d'esquive… Le joueur a le choix entre le Capcom Groove proche du système A-ISM de Street Fighter Alpha 3 et le SNK Groove proche du fonctionnement de la série King of Fighters.