Star Wars: Episódio I: A Ameaça Fantasma coloca os jogadores diretamente no filme de sucesso de mesmo nome. Embora a trama básica permanece a mesma, grande parte da história foi ligeiramente alterada. Tudo começa como dois Jedi, Qui-Gon Jinn e Obi-Wan Kenobi, tentativa de acabar com o bloqueio de Naboo da Federação do Comércio. Desconhecido para o Jedi é que Darth Sidious e seu aprendiz, Darth Maul, são a verdadeira força por trás do bloqueio. Uma vez que os Jedi chegam à Federação Batalha Naval Trade, eles são marcados para a morte. Sua missão de paz torna-se rapidamente um dos sobrevivência.