Après le premier jeu Colony Wars, l'Empire de la Terre a été vaincu... et les restes de ce régime ont été scellés à l'intérieur du Système Solaire, coupé du reste de la galaxie par une technologie inconnue. Au sein de Sol, la civilisation de l'Empire de la Terre s'est effondrée.
Diverses tribus et factions, en guerre les unes contre les autres, ont laissé à l'ancien système d'origine de l'humanité une épave de récupération et de gaspillage de ressources épuisées. Un chef cependant, le commandant Kron, cherche à unir les clans belligérants sous une bannière de vengeance... et ensemble trouver un moyen de sortir de cette prison solaire.