Il y avait autrefois quatre bombardiers maléfiques appelés les bombardiers de la force noire qui ont essayé d'apporter l'obscurité dans le monde de Bomberman. Les anciens ancêtres des Bombermen ont emprisonné les bombardiers de la force noire dans le cristal bleu. Des millions d'années plus tard, Bagular, apparaissant d'un autre point du continuum espace-temps, détruisit le cristal bleu, libérant ainsi les méchants. Les bombardiers libérés sont devenus les serviteurs de Bagular et ont conquis les quatre mondes. Il appartient maintenant à Bomberman de sauver les mondes du mal.