Das futuristische Tokyo ist ein Megapolis mit einem riesigen System von unterirdischen Tunneln und Kanälen. Ein Gerücht gehört, dass in dieser unterirdischen Welt, die Anhänger eines mysteriösen Kult verbergen, als Dark Messiah bekannt. Sie, der Held des Spiels, Bord einer U-Bahn, und nach einem seltsamen Vorfall durch einen Absturz folgte, finden sich in der Mitte der unterirdischen Welt. Sie haben nur ein Ziel jetzt - zu überleben.