A medida que se abre ningún remordimiento, un trío de Silencersâ ?"super-soldiersâ enigmática ?" están regresando de una misión fallida en la que desobedecieron la orden de fuego contra civiles que se encontraban (erróneamente) cree que son rebeldes. Son emboscados por un mech WEC, y dos de los silenciadores son asesinados. El restante, un capitán sin nombre, (a quien el jugador juega como), se une a la Resistencia, donde, como un símbolo significativo de la potencia militar de la WEC y la filosofía política, se reúne con el resentimiento, la desconfianza y el odio absoluto. Sin embargo, sin quejarse lleva a cabo misiones peligrosas, a menudo con equipos de calidad inferior, y su éxito continuo gana poco a poco el respeto de sus compañeros miembros de la Resistencia.