Cherchant à profiter d'une Terre affaiblie, les ennemis de l'espace lointain de X-COM changent de stratégie de manière inattendue et lancent un deuxième front puissant contre la planète Terre.
Dans les profondeurs sombres des vastes océans, de longues forces endormies sont réveillées par des signaux de réanimation envoyés à travers le silence galactique par leurs frères et sœurs interstellaires. Lentement mais sûrement, une armée de créatures marines extraterrestres en hibernation se réveille. Votre combat s'étend maintenant aux nouveaux mondes étranges des profondeurs où des technologies extraterrestres supérieures menacent la survie même de cette planète - votre planète - la Terre.