L'histoire de Raiden se déroule en 2090, lorsqu'une espèce de formes de vie extraterrestres connues sous le nom de Cristaux envahit la Terre. Les cristaux ont pris le contrôle de la plupart des équipements militaires de la Terre pour les utiliser lors de l'invasion. En réponse, l’organisation mondiale connue sous le nom de Vanquish Crystal Defence (VCD) développe le vaisseau d’attaque Fighting Thunder, une arme de pointe basée sur la technologie Crystal. Pour survivre contre les envahisseurs et riposter, VCD déploie Fighting Thunder comme le seul espoir pour l’humanité.