Situé dans le camp d'entraînement de la base d'entraînement de Golgotha, le joueur prend le contrôle de l'Alien, du Predator ou du soldat humain Lance J. Lewis des Colonial Marines, chacun ayant son propre scénario. Alien vs Predator était initialement développé par Images Software pour Atari Lynx, où il faisait référence à la série de bandes dessinées Alien Versus Predator de Dark Horse Comics et était un jeu de tir basé sur un corridor. Après son annulation, il était ensuite prévu Le port de la SNES a battu le titre du même nom pour la Jaguar, qui avait déjà été développé par Jorudan en 1993, mais qui a été transformé en jeu de tir à la première personne lorsque Atari Corporation a soumis le projet à la fois à 20th Century Fox et à Activision.