Loin de l'île de Donburi (où vivent TwinBee et ses amis), se trouve une île fantastique connue sous le nom de Terre des Merveilles. Sa dirigeante, la reine Melody, a été emprisonnée par l'archiduc Nonsense, qui cherche à utiliser la harpe du bonheur de la reine pour conquérir le monde.
Flute, une fée au service de la reine Melody, s'échappe lors du coup d'État et se rend sur l'île de Donburi pour demander l'aide de TwinBee et WinBee.
TwinBee Yahho! présente des cinématiques entièrement doublées pendant le jeu interprétées par les acteurs de la série radiophonique TwinBee Paradise. Des éléments de l'histoire de TwinBee Paradise, y compris les noms des pilotes respectifs de TwinBee et WinBee (Light et Pastel), ont été utilisés pour la première fois dans les jeux de cet épisode.
Comme dans les précédents jeux Twin Bee, il existe deux types de bonus : les bonus de cloche obtenus depuis le ciel et les bonus terrestres qui peuvent être récupérés en détruisant des ennemis au sol. Les cloches peuvent cette fois être modifiées jusqu'à six couleurs (jaune, bleu, blanc, vert, rouge et rose), chacune avec un attribut unique.
GwinBee revient ainsi qu'un objet de mise sous tension, ainsi que les attaques jumelles qui peuvent être effectuées avec GwinBee ou un autre joueur.​