Le gameplay est similaire à celui du précédent Truxton. Truxton II comporte six énormes zones, chacune avec un boss à la fin.Des vies sont données à raison de 70000 points, puis tous les 200000 points par la suite ; les joueurs commencent avec trois vies. Des bonus permettent d'augmenter la vitesse du vaisseau, d'ajouter une bombe intelligente à votre arsenal et de changer/renforcer votre arme actuelle : le rouge tire des bombes dans une petite zone autour de votre vaisseau, comme l'arme rouge de Robo Aleste ; le bleu est un laser de guidage, comme l'arme bleue du Truxton original ; tandis que le vert tire des salves de tirs verts de grande portée et remplace plus ou moins l'arme rouge de Truxton.