Saint Dragon est un jeu de tir à défilement latéral dans lequel le joueur incarne le cyborg Saint Dragon, qui s'est rebellé contre l'armée tyrannique des Monstres Cyborgs. Saint Dragon est initialement armé de projectiles à plasma et d'un souffle ardent. En collectant des jetons, la puissance de feu du dragon peut être améliorée grâce à des torpilles à impulsion, un laser, des bombes rebondissantes, des lasers annulaires ou une tourelle. D'autres jetons permettent d'améliorer la vitesse du dragon, la puissance de ses armes ou de lancer un mode « hyper » qui lui confère une puissance de feu maximale et une invulnérabilité accrue. De plus, le dragon possède une queue blindée qui suit les mouvements du joueur, lui permettant de servir de bouclier défensif.

Il y a cinq niveaux, chacun se terminant par un combat contre un imposant gardien de fin de niveau.