Raiden Fighters 2 a des contrôles simplistes typiques des jeux de tir . Un bouton de feu tire les armes du joueur. Un bouton Bomb déclenche une attaque spéciale qui endommage les ennemis et annule les tirs ennemis sur une grande surface.

Une nouvelle fonctionnalité introduite dans Raiden Fighters 2 est l’attaque hybride, disponible uniquement lors d’une partie à deux joueurs. Lorsque deux joueurs sont proches l'un de l'autre et utilisent leurs attaques chargées, l'attaque hybride est activée, les rendant invincibles pendant toute la durée de l'attaque.

Les médailles apparaissent plus souvent que lors de la première partie, donnant aux joueurs plus de possibilités de marquer.