Dans Hyper Duel, le joueur contrôle l'un des trois pilotes "Buster Gears": Keith Spader, Lisa Rowling ou Dr. B. Lloyd, et doit détruire les forces extraterrestres.

Les Buster Gears ressemblent à des vaisseaux spatiaux normaux mais ont deux modes - vaisseau spatial et robot - avec des modes de tir différents. Les navires peuvent également acquérir des unités auxiliaires supplémentaires en collectant les objets T ou G. L'arme peut être améliorée en collectant des objets P.