Dans Contra, le joueur contrôle l'un des deux commandos militaires armés nommés Bill et Lance, qui sont envoyés en mission pour neutraliser un groupe terroriste appelé Red Falcon Organization qui envisage de prendre le contrôle de la Terre.

Le personnage principal est équipé d'un fusil avec une quantité illimitée de munitions. Le joueur peut également sauter, se déplacer et tirer dans huit directions, ainsi que se déplacer ou sauter simultanément tout en tirant. Un seul coup de n'importe quel ennemi, balle ou autre danger tuera instantanément le personnage du joueur et défaussera l'arme actuelle.