Dans les étendues les plus sombres de l'espace infini, le mal pur est en attente.
Les Forces des ténèbres dirigées par le dieu de la destruction, Bacterian, se préparent à lancer une attaque massive contre la planète Gradius. Possédant un pouvoir imparable, les forces obscures menacent de plonger l'univers dans une guerre totale et une annihilation complète.

Leur force d'invasion brise les défenses de Gradius, et les planètes environnantes tombent bientôt comme des dominos. Maintenant, l'emprise maléfique de Bacterian atteint le cœur de la résistance, la planète Gradius elle-même.

Pour contrer la menace imminente, les United Gradius World Forces rassemblent tous leurs chasseurs. La moitié d'entre eux forment un filet défensif - l'autre moitié une équipe d'attaque. Mais ils sont largement en infériorité numérique et les forces des ténèbres déchirent facilement leur mince ligne de front. Aucun combattant ne survit au massacre.

Dans un dernier mouvement haletant, les United Gradius World Forces envoient deux combattants, jusque-là considérés comme trop dangereux pour les missions de combat : les combattants InterDimensional VIC VIPER.

Les Fighters s'envolent au cœur des ténèbres pour rejoindre la mêlée qui décidera du sort de l'Univers.