Charlie Ninja est un jeu de plateforme à défilement latéral 2D qui met les joueurs dans la peau d'un ninja qui lance des étoiles et d'autres armes orientales typiques sur les ennemis. Le joueur peut également se dissimuler afin qu'il devienne invisible pour les ennemis et puisse échapper aux attaques. Les attaques de mêlée sont également possibles.

Chacune des étapes a un thème différent et un boss avec une prime à la fin. Les décors de la scène sont le Far West, l'armée, la zone industrielle délabrée, le stade de football et un laboratoire de scientifiques fous. Les ennemis attaquent directement le joueur ou lui tirent des projectiles. Les bonus d'armes peuvent être récupérés sur les ennemis vaincus et parfois les murs coupe-feu doivent être contournés. Le jeu peut être joué en solo ou avec un ami.