Zak McKracken travaille pour le tabloïd National Inquisitor. Lors d’un reportage concernant un écureuil à deux têtes sévissant dans la région de Seattle, Zak découvre que des extraterrestres projettent d’envahir la terre. Pour cela, ils ont pris le contrôle d’une compagnie de téléphone de San Francisco qu’ils utilisent pour diffuser une tonalité très aiguë visant à réduire l’intelligence de l’humanité afin de la rendre incapable de résister à une invasion. Pour les stopper, Zak cherche à reconstituer un ancien mécanisme de défense créé par une autre race d’extraterrestre, les fragments de celle-ci ayant été dispersés dans le monde entier ainsi que sur Mars.