Shao Kahn, défait par Liu Kang pendant le tournoi Mortal Kombat (qui aurait dû être la dixième victoire consécutive des serviteurs de Shao Kahn, ce qui lui aurait permis d'investir la Terre), dans l’Outworld, met en place un nouveau plan. Il demande à Shang Tsung, aidé des prêtres de l'ombre, de ressusciter son ancienne reine Sindel, inopinément morte dans son jeune âge. Ancienne impératrice de l’Outworld, elle possède la capacité de se rendre sur Terre, talent envié par Shao Kahn et dont il compte bien se servir. Ainsi, une fois que Sindel a retrouvé son corps, Shao Kahn traverse les dimensions avec son aide. Des suites de son action, le Royaume de la Terre est devenu une partie de l’Outworld, et des millions d'êtres humains ont immédiatement été tués. Cependant, quelques-uns ont pu être épargnés, car Raiden (protecteur du royaume de la Terre) a réussi à protéger leur âme. Il dit à ses combattants que Shao Kahn devait être arrêté, cependant au fur et à mesure que l’Outworld fusionne avec le Royaume de la Terre, Raiden perd ses pouvoirs et n'a donc plus la capacité de stopper les troupes de Shao Kahn. Shao Kahn a lâché des pelotons d'extermination dans tout le Royaume de la Terre afin d'annihiler l'ensemble des survivants. En outre, la protection de Raiden est effective seulement à l'âme, et non au corps. Ainsi ses guerriers devront non seulement combattre ces pelotons, mais en plus, repousser Kahn.