Une épidémie virale a fermé l’une des installations militaires les plus secrètes et les plus sécurisées du gouvernement américain, et tout le personnel scientifique et militaire est enfermé à l’intérieur. Une petite unité des forces spéciales, dirigée par le spécialiste Ethan Cole, est envoyée pour enquêter.
En tant que Cole, vous plongerez dans cinq vastes niveaux à l’intérieur de la zone 51, découvrant un effet secondaire mutagène mortel du virus ainsi qu’une ancienne colonie extraterrestre enterrée sous l’installation. Avec un éventail d’armes humaines et extraterrestres, vous devez explorer des complots afin de résoudre l’énigme de la zone 51.