Les extraterrestres ont pris le contrôle de Chinaland et ont pris l'empereur en otage ! Heureusement, le fils de l'empereur a réussi à s'échapper et à raconter l'histoire du triste sort du pays à Jack et Ryu, les maîtres ninja résidents de Chinaland.
C'est maintenant à eux de sauver l'empereur et de libérer Chinaland de l'invasion extraterrestre ! Super Chinese 3 est un RPG d'action pour un ou deux joueurs.
Dans une partie à deux joueurs, le joueur 1 contrôle Jack et le joueur 2 contrôle Ryu. Dans une partie à un joueur, seul Jack sera jouable, mais Ryu peut participer à tout moment et partager le niveau d'expérience de Jack. Les deux Ninja Boys partagent des points d'expérience afin qu'ils restent au même niveau.