Les histoires de la série se déroulent au Japon du XVIIIe siècle, pendant la période Sakoku ou d'isolement du Japon (les quatre premiers jeux se sont déroulés en 1788 et 1789) avec une grande licence artistique afin que les personnages nés à l'étranger (y compris certains d'endroits qui n'ont pas n'existent pas en tant que tels en 1788) et des monstres fictifs peuvent également faire partie de l'histoire. L'intrigue de chaque jeu est assez différente, mais ils entourent un groupe central de personnages et une région du Japon.

Samurai Spirits - Kenkaku Shinan Pack est une compilation uniquement sortie au Japon qui comprend les deux premiers jeux Samurai Spirits.