En 1998, de nombreux objets volants non identifiés (OVNI) sont détectés dans l'atmosphère et des rumeurs d'attaques extraterrestres commencent à se répandre. Les forces armées gouvernementales tentent de repousser cette menace, sans succès.
À la suite de cet échec, les représentants des grandes puissances mondiales se réunissent à Genève en décembre 1998 et décident de créer une organisation indépendante et secrète destinée à lutter contre les aliens. Celle-ci, baptisée X-COM, recrute des soldats, des scientifiques et des ingénieurs.
Au fil des confrontations et des progrès scientifiques, l'organisation découvre les capacités et les objectifs ennemis. Afin de mettre fin à l’invasion, X-COM lance l'assaut sur le quartier général alien, situé sur Mars.